Geneza tej miejscowości sięga XVI wieku.W dokumentach pisanych Bestwinka pod nazwą Bestwina Dolna wymieniona jest pod rokiem 1523. Właścicielami byli Zuzanna Myszkowska i Jan Myszkowski zabity przez Andrzeja Krajewskiego sługę swojego za nieludzkie traktowanie i wyzysk pańszczyźniany. Andrzej Krajewski został skazany na śmierć przez poćwiartowanie, a wyrok wykonano w dzień zaduszny.

W 1617 roku powstał nowy obszar dworski w północnej części Bestwiny - Bestwina Dolna - Bestwinka, której właścicielką była Katarzyna Mirowa Drohojewska.W 1661 burgrabia zamku krakowskiego Jan Wisemberg i jego sukcesorzy otrzymali od Katarzyny Drohojowskiej Dolną Bestwinę z prawem patronatu. Kolejną właścicielką Bestwinki była od roku 1625 do 1685 Elżbieta Lachocka.W roku 1685 przejęła Bestwinkę na 3 lata Elżbieta Ciołkówna, bo w roku 1688 folwark przeszedł w ręce Aleksandry i Katarzyny Pruszyńskich. Jak wynika z zachowanych danych, w II połowie XVII i I ćwierćwieczu XVIII wieku folwarkiem zajmowali się zarządcy, m.in. Krzysztof Jesionowski i Kazimierz na Drohojowie Drohojowski. W 1708 roku dobra folwarczne objął Franciszek Olszański - zarządca dóbr Krakowa, a w 1711 właścicielem był wymieniony wcześniej Kazimierz Drohojewski. W 1723 roku właścicielem Bestwinki stał się starosta parnowski Franciszek de Witowice Schwarzenberg-Czarny, który swoją siedzibę miał w Andrychowie.

W 1748 roku właścicielem Bestwinki był Wojciech Bawoliński, a na jeden rok do roku 1749 przejął dobra Bestwinki Kacper Paca. W 1750 roku wybudowano w Bestwince dwór z kaplicą i pięknym ogrodem włoskim, osobną kuchnią, folwarkiem z zabudowaniami, stajnią, spichlerzem i gumnami. Do dworu przynależał pański browar, 456 morgów stawów rybnych i 55 morgów pól uprawnych.

W 1764 roku Bestwinę i sąsiedni Kaniów zakupił kasztelan Stanisław Ankwicz za 6000 florenów od Zofii de Zielińskiej, żony Szymona Delipacy. Dwór ten był kilkakrotnie odbudowywany i przerabiany, jednak dotrwał do dzisiejszych czasów i jest cichym pomnikiem zamierzchłej przeszłości.

W 1789 roku było w Bestwince 9 kmieci, 4 zagrodników i 53 chałupników. Wszyscy odrabiali pańszczyznę konną lub pieszą. We wsi mieszkało trzech Żydów, płacili oni czynsz. Wszystkich domów było 69.

Dworek, zlokalizowany przy dzisiejszej ul. Dworkowej był prawdopodobnie miejscem opisanym przez S.Żeromskiego w "Popiołach", gdzie w rozdziale "Jaz" Rafał Olbromski przekrada się z dworku galicyjskiego do zaboru pruskiego by dotrzeć do Mysłowic.

Do dworku sięgają również korzenie rodzinne Zbigniewa Pietrzykowskiego, którego walka z późniejszym mistrzem świata C. Clayem w rzymskim finale igrzysk olimpijskich w 1960 roku przeszła do historii boksu i sportu w ogóle. Rodzice Pietrzykowskiego byli nauczycielami i uczyli w szkole w Bestwince, a następnie w Gimnazjum im. Asnyka w Bielsku - Białej.

Na terenie Bestwinki było dużo stawów, które istniały od XV wieku. Ich nazwy to: Rynien, Kępni, Dębni, Drożni, Kątny, Jastrzębiec, Skrzyniany, Podborowiec, Borowy, Powyżki, Krzywy, Krzywy Wielki, Podmywacz, Zagrodni, Podpolec, Olszański, Wielki Olszański, Rzeczny.

Najstarsze rodziny w Bestwince, które przetrwały od XVII wieku to : Gan, Krzywolak, Jaszek, Ślosarczyk, Furczyk, Waliczek, Piątek.

Obowiązek odrabiania pańszczyzny w XVIII wieku ciążył chłopom bestwińskim, bo nie zawsze starczało już im czasu aby obrobić własną ziemię, stąd często zamieniała się ona w leżące odłogiem ugory. Wypadki takie miały miejsce w Bestwince, o czym świadczy utworzenie folwarku pańskiego na czterech rolach kmiecych. Tą sprawą zajął się ówczesny dziedzic bestwiński Franciszek Schwarzenberg Czerny, kasztelan wojnicki. Ponieważ doszedł do wniosku, że powodem zaniedbania się chłopów jest brak poczucia pewności na swojej roli, bo Pan może go w każdej chwili usunąć, postanowił chłopów uwłaszczyć, a tym samym silniej związać z nadaną ziemią. (dowodem jest zachowany w Muzeum Regionalnym przywilej kupna roli wydany Błażejowi Gacowi - rolnikowi z Bestwinki).

Po śmierci Franciszka Schwarzenberga dziedzicem Bestwiny i dóbr przynależnych zostaje Piotr Małachowski - wojewoda krakowski, starosta oświęcimski i przedborski oraz jego żona Kordula z Lachockich.

W 1803 roku dziedzicem państwa bestwińskiego został Jerzy z Dobry - Dobrzański, który sprzedał w 1808 roku swoje posiadłości Karolowi Habsburgowi z Żywca. Tenże arcyksiąże w roku 1824 wybudował dzisiejszy "zamek" ,siedzibę Urzędu Gminy w Bestwinie. W tym okresie w Bestwinie zamieszkiwało 10 rodzin żydowskich a w Bestwince mieszkał Żyd Reifesen Moryc. W 1847 roku właścicielem Bestwiny stał się syn Karola Habsburga, Albrecht. Od 1895 roku właścicielem był Karol Stefan, który umierając dał dobra bestwińskie synowi, Leonowi Karolowi. W tym czasie Bestwinka stanowiła odrębny okręg administracyjny, miała pieczątkę gminną, na której widniał pies.

W odległych czasach często wybuchały epidemie, na które masowo umierali ludzie. Brak lekarzy, lekarstw i sposobów zapobiegania epidemiom powodował,że rozprzestrzeniały się one błyskawicznie. Prawdopodobnie około 1850 roku taka epidemia ogarnęła i Bestwinkę. Za przyczyną kupców włoskich a szczególnie handlarzy weneckich choroby przenosiły się po całej Europie i nie ominęły Bestwinki. Choroba dziesiątkowała ludność. Były domy, w których wymarła cała rodzina. Ludzie padali, jak podcięte drzewa. Opowiadano, że zmarłych wyciągano z domów hakami, ładowano na wozy i tak bez trumny grzebano we wspólnym dole prawie codziennie. Istnieje podanie, że jeden z woźniców wiozący trupy dotknięte zarazą, zmarł na tym wozie. Cała wieś chodziła w żałobie nosząc czarne szaty, stąd powstała nazwa "Czarna wieś".

Przerażona i zrozpaczna ludność Bestwinki, nie mogąc sobie poradzić z tragedią, nie mogąc liczyć na ludzką pomoc postanowiła zwrócić się do niebios. Ponieważ św. Sebastian jest patronem epidemii zamówili w kościele w Bestwinie mszę i żarliwie modlili się i śpiewali godzinki aby oddalił od nich tą grożną chorobę."Chmury tak duże i czarne nad wsią się zebrały i muśnięciem wiatru dziwną mgłą pomór na północ pognały". Od tej chwili zgony ustały, co wszyscy jednoznacznie przypisali orędownictwu św. Sebastiana. Z wdzięczności co roku w jego święto organizowali dobrowolną składkę i zamawiali dziękczynne nabożeństwo. Ufundowali też obraz, który został umieszczony w bocznym ołtarzu. W 1925 roku został on odnowiony przez wywodzącego się z Bestwiny malarza Józefa Adamaszka, a kolejnej renowacji doczekał się w 1991 roku i został przekazany nowo powstałej parafii w Bestwince.

Na podstawie "Wieści Parafialnych" i zamieszczanych tam "Dziejów Bestwinki" autorstwa Danuty Kubik