W lutym 1988 roku powstała w Bestwince Rada Parafialna, która na pierwszym zebraniu ustaliła system zbiórki środków na budowę kościoła. W kwietniu za zgodą księdza proboszcza z Bestwiny Bogusława Czarnego zaczęto zwozić materiał. 30.04.1989 r. odbyła się uroczystość poświęcenia placu budowy z udziałem wszystkich księży wywodzących się z Bestwinki.

08.10.1989 r. nastąpiło wmurowanie kamienia węgielnego wraz z aktem erekcyjnym. Po raz pierwszy w pomieszczeniach przeznaczonych na kaplicę,, które pachniały jeszcze świeżym betonem i wilgocią została odprawiona msza święta koncelebrowana przez ks. Dziekana Władysława Sieczkę proboszca z Kóz wspólnie z ks. proboszczem B. Czarnym i ks. kanonikiem Emilem Sierackim na którą to został przywieziony z kościoła w Bestwinie obraz św. Sebastiana zakupiony w dziewiętnastym wieku przez mieszkańców Bestwinki jako dziękczynienie za uratowanie mieszkańców od szerzącej się zarazy.

W styczniu 1990 roku budynek kaplicy był gotów w stanie surowym dzięki ofiarności i pomocy mieszkańców. We wrześniu tegoż roku na mszy świętej koncelebrowanej przez ks. proboszcza B. Czarnego oraz wikariuszy ks. Jacka Miodka i ks. Jana Antoła został uroczyście poświęcony krzyż umieszczony na wieży kościelnej.

Pierwszym proboszczem parafii był ks. Marcin Mokwa który przybył 30.08.1992r. On to w trudnych warunkach podjął się wykończenia i wyposażenia świątyni. Ksiądz Marcin Mokwa zmarł 24.06.2004r. po ciężkiej chorobie.

W dniu 11 lipca 2004 roku do naszej parafii pod wezwaniem św. Sebastiana został skierowany ks. Władysław Piekarski który szybko zapoznał się z otoczeniem oraz zadaniami do wykonania zapoczątkowanymi przez swego poprzednika. W sierpniu 2011 przeszedł do Parafii Zabłocie koło Strumienia.

Trzecim proboszczem naszej Parafii został mianowany 25.08.2011 roku ks. Józef Baran.